La rade de Toulon s'est entourée dès le XVIème siecle d'un système de défense destiné à protéger en premier lieu ses accès maritimes, puis terrestres, au fur et à mesure que l'artillerie offensive allongeait sa portée. La protection du port de commerce de Toulon est assurée depuis 1524 par la "Grosse tour" ou tour Royale.
En 1634, Richelieu insiste auprès de Louis XIII pour que soit construite une autre tour sur la pointe de Balaguier, en face de la tour Royale, créant ainsi un verrou de sûreté à l'entrée de la rade. Il s'agit toujours de protéger le port de Toulon, mais, plus spécialement, un petit arsenal né sous Henri IV et que Richelieu, Premier Ministre de la Marine, pressent comme destiné à s'agrandir. Vauban accède en 1679 au Commissariat aux Fortifications.
L'arsenal délaisse Marseille, base des galères et s'implante au fond de la nouvelle darse. Dans la nouvelle conception des fortifications, Balaguier, tour à canons, se voit augmentée de remparts, de murs, de logements et de poudrières qui donnent au fort son aspect actuel.
Fin août 1793, quand les Anglais entrent dans Toulon, Balaguier devient le point de mire des observateurs. D'abord refuge des marins qui refusent l'occupation anglaise, le fort de Balaguier sera occupé par les troupes coalisées. Napoléon Bonaparte, jeune commandant de l'artillerie républicaine, a compris quelle importance stratégique revêt l'emplacement du deuxième verrou de la rade. Après deux mois de combats inutiles, il réussit à faire prévaloir son plan et menant ses troupes à l'attaque par voie de terre, il investit le fort de Balaguier le 17 décembre 1793. Les canons républicains sont maintenant braqués sur la flotte anglaise qui préfère se retirer.
Après la crise de Fachoda, le fort de Balaguier est réarmé une dernière fois. Puis, inutile, il est loué à des particuliers entre les deux guerres. Occupé par les Allemands en 1942, il est libéré en 1944. Restauré, il devient un musée d'histoire maritime et locale à partir de 1970.
Il est inscrit à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques depuis le 17 mars 1975. La tour de Balaguier ou " Petite tour " par opposition à la tour Royale ou " Grosse tour " est conçue selon les modèles de Richelieu. L'ouvrage comprend à l'origine une tour à canons de 19,5 m de diamètre. Le sous-sol est équipé d'une citerne et de magasins à poudre et aux vivres. L'accès depuis l'extérieur se fait par un pont-levis. Ce niveau est constitué d'une salle voûtée destinée au casernement d'une quarantaine d'hommes. La partie supérieure de la tour est pourvue d'une plate-forme à canons battant la rade par huit embrasures et d'un chemin de ronde dont le parapet est percé de créneaux de fusillade pour la défense rapprochée. De part et d'autre de la tour proprement dite, une batterie rasante avec parapets à embrasures a été construite.
Ce monument historique, dont le ministère de la défense est affectataire, fait partie d'un protocole Culture Défense, signé le 17 septembre 2005.
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